alterlab-cobrapy - 使用 COBRApy 分析基因组规模代谢模型
使用 FBA、FVA、敲除分析、通量采样和缺口填补构建并分析约束型代谢模型，支持 SBML、JSON 和 YAML 模型读写。
标签
更新于: 2026-10-01能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 加载代谢模型
- 检查模型组件
- 执行通量平衡分析
- 执行通量变异分析
- 分析基因敲除
- 分析反应敲除
- 管理生长培养基
- 采样可行通量
- 计算生产包络
- 填补模型缺口
- 构建代谢模型
- 读写模型文件
输入
- SBML、JSON 或 YAML 模型文件
- 模型标识符
- 目标反应
- 培养基约束
- 敲除目标
- 采样参数
- 缺口填补反应模型
- 分析选项
输出
- 优化解
- 通量变异结果
- 敲除表型结果
- 通量样本
- 生产包络数据
- 缺口填补反应集合
- 更新后的模型文件
- 模型状态和通量值
要求
- 支持 uv 的 Python 环境
- 已安装 COBRApy
- 兼容 optlang 的求解器
- 版本低于 3 的 pandas
- 远程加载模型所需的网络访问
- 从仓库进行缺口填补所需的网络访问