atac-seq-differential-accessibility - 分析不同条件下的染色质差异可及性
使用 DiffBind、csaw、DESeq2 或 edgeR 识别不同条件下 ATAC-seq 可及性发生变化的染色质区域。
标签
更新于: 2026-10-07能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 构建区域计数矩阵
- 选择峰或窗口流程
- 归一化 ATAC-seq 计数
- 拟合差异可及性模型
- 校正批次和隐藏变异
- 解读 log2FC 与 FDR
输入
- BAM 文件
- 峰文件
- 峰计数矩阵
- 样本元数据
- 实验条件
- 重复信息
- 基因组信息
- 归一化策略
输出
- 差异可及性区域
- 归一化计数矩阵
- 统计检验结果
- Log2 倍数变化
- FDR 值
- 质量控制图
要求
- R 运行环境
- DiffBind 3.12 或更高版本
- DESeq2 1.42 或更高版本
- edgeR 4.0 或更高版本
- csaw 1.36 或更高版本
- limma 3.58 或更高版本
- GenomicRanges 1.54 或更高版本
- sva 3.50 或更高版本
- RUVSeq 1.36 或更高版本