bagel-script-builder - 交互式构建可审阅的 BAGEL 脚本
将自然语言的蛋白质设计目标交互式转换为可运行、可审阅的 BAGEL 脚本、冒烟测试和执行工具。
标签
更新于: 2026-09-29该技能可以做什么
- 起草 BAGEL 设计脚本
- 询问未明确的设计选项
- 定义状态、链和能量项
- 生成带注释的设计脚本
- 生成冒烟测试脚本
- 生成执行工具
- 运行 Modal 冒烟测试
- 创建并行或串行扫描
- 保存脚本供审阅
输入
- 自然语言设计目标
- 蛋白质和靶标序列
- 状态和链定义
- 可变与受保护残基
- 能量项及其权重
- 预言器和优化器选择
- 执行后端和扫描参数
- 输出目录
- Modal 凭据
输出
- BAGEL 设计脚本文件
- 冒烟测试脚本文件
- 执行工具文件
- 各运行任务的输出目录
- 冒烟测试结果
要求
- 安装 biobagel 的 Python 环境
- BAGEL API 和参考文件
- 所选预言器或后端的访问权限
- 运行 Modal 所需的 Modal 凭据
- 执行集群扫描所需的 SLURM 或 PBS 集群