bio-atac-seq-atac-qc - 按 ENCODE 质控标准评估 ATAC-seq 文库
计算 ATAC-seq 核心质量指标，与 ENCODE 阈值比较，并诊断文库或转座相关伪影。
标签
更新于: 2026-10-06能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 计算 ATAC-seq 质控指标
- 比较 ENCODE 接受阈值
- 评估文库是否合格
- 诊断转座相关伪影
- 比较 Omni-ATAC 与标准制备
- 在峰调用前筛选重复样本
输入
- ATAC-seq 比对文件
- TSS 注释 BED 文件
- 信号 bigWig 文件
- 峰文件
- 基因组版本
- 文库制备类型
- 重复样本测量结果
输出
- ATAC-seq 质控指标
- ENCODE 阈值比较结果
- 文库合格性评估
- 失败模式诊断
- TSS 富集图谱
- 片段长度周期性图
- 重复样本筛选建议
要求
- deepTools 3.5+
- Picard 3.1+
- samtools 1.19+
- bedtools 2.31+
- ATACseqQC 1.26+
- pysam 0.22+
- pyBigWig 0.3+
- numpy 1.26+
- pandas 2.2+
- MultiQC 1.21+