bio-atac-seq-consensus-peakset - 构建 ATAC-seq 共识峰集
根据重复样本的 ATAC-seq 峰调用结果,通过重叠规则、峰顶重定位和固定宽度区域构建适用于差异分析的共识峰集。
标签
更新于: 2026-10-04该技能可以做什么
- 汇总重复样本峰调用
- 按峰顶重新定位
- 按显著性排序峰
- 迭代移除重叠峰
- 应用多数规则重叠
- 生成固定宽度坐标
输入
- 重复样本峰文件
- 基因组大小文件
- 峰格式和峰顶信息
- 样本或条件分组
- 共识策略参数
输出
- 共识 BED 峰集
- 固定宽度峰坐标
- 峰数量摘要
要求
- bedtools 2.31+
- samtools 1.19+
- BEDOPS 2.4.41+
- GenomicRanges 1.54+
- DiffBind 3.12+
- Subread 2.0+
- pybedtools 0.10+
- 与峰坐标匹配的基因组大小文件
