bio-causal-genomics-genomic-sem - 使用 GenomicSEM 建模潜在遗传结构
使用 GWAS 汇总统计拟合 GenomicSEM 模型，开展多变量遗传分析，评估模型拟合并与 MTAG 比较结果。
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更新于: 2026-10-16能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 计算 LDSC 协方差矩阵
- 拟合共同因子模型
- 拟合用户指定的结构方程模型
- 运行共同因子 GWAS
- 检验 Q_SNP 异质性
- 执行多变量 Wald 检验
- 划分因子遗传力
- 与 MTAG 比较结果
- 识别 Heywood 情况
- 验证模型拟合
输入
- 经过 munging 的 GWAS 汇总统计
- Lavaan 模型语法
- 功能注释
- MTAG 分析结果
输出
- 遗传协方差矩阵
- 抽样协方差矩阵
- 模型参数估计
- 模型拟合指标
- SNP 级关联统计量
- Q_SNP 异质性统计量
- 分层遗传力估计
- MTAG 比较结果
要求
- R 4.4 或更高版本
- GitHub 上的 GenomicSEM 0.0.5
- lavaan 0.6.19
- Python 3 环境中的 LDSC
- LDSC 提交版本 1f09cf0
- baselineLD_v2.2 注释
- MTAG 分析所需的 MTAG 1.0.8 或更高版本