bio-crispr-screens-hit-calling - 选择并协调CRISPR筛选命中判定方法
根据实验设计选择CRISPR筛选命中判定方法，协调不一致结果，并应用共识、多重检验、效应量和验证规则。
标签
更新于: 2026-10-06该技能可以做什么
- 选择匹配设计的方法
- 比较统计模型
- 协调不一致的命中结果
- 构建共识命中层级
- 应用第二sgRNA筛选
- 按置信度安排验证
- 审查不稳定的重复结果
输入
- CRISPR筛选计数矩阵
- 实验设计元数据
- 筛选质量结果
- 命中判定结果表
输出
- 方法选择建议
- 排序后的命中列表
- 共识命中层级
- 分歧原因说明
- 第二sgRNA筛选后的命中结果
- 验证分级建议
要求
- MAGeCK 0.5.9或更高版本
- BAGEL2 1.0或更高版本
- 2019年8月或更高版本的drugZ
- JACKS 0.2.0或更高版本
- Chronos 2.0或更高版本
- CERES 1.0或更高版本
- pandas 2.2或更高版本
- numpy 1.26或更高版本
- scipy 1.12或更高版本
- statsmodels 0.14或更高版本