bio-differential-expression-edger-basics - 使用 edgeR 进行 bulk RNA-seq 差异表达分析
使用 edgeR 负二项 GLM、准似然检验、对比、TREAT、voom 及 edgeR v4 流程分析 bulk RNA-seq 计数数据。
标签
更新于: 2026-10-15能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 构建 DGEList 对象
- 过滤低表达基因
- 标准化文库大小
- 估计稳健离散度
- 拟合准似然 GLM
- 检验差异表达
- 定义设计对比
- 应用倍数变化阈值
- 处理样本质量异质性
- 分析转录本计数
输入
- bulk RNA-seq 计数矩阵
- 样本分组标签
- 实验设计
- 对比定义
- 倍数变化阈值
- 已安装的 R 软件包
输出
- 排序后的差异表达表
- 离散度估计结果
- 标准化因子
- 差异表达检验结果
- 诊断图
要求
- R 运行环境
- edgeR 4.0 或更高版本
- limma 3.58 或更高版本
- 用于 voom 内部功能的 statmod 1.5 或更高版本
- 用于 catchSalmon 的 tximport 1.30 或更高版本
- 兼容的软件包 API