bio-ecological-genomics-edna-metabarcoding - 环境DNA宏条形码分析
使用OBITools3和DADA2处理环境DNA扩增子序列，生成物种出现表并完成物种分类和污染过滤。
标签
更新于: 2026-06-30能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 去除引物
- 比对双端序列
- 过滤序列
- 去重复序列
- 去噪
- 移除嵌合体
- 物种分类
- 过滤污染物
- 拟合占用模型
输入
- 原始双端序列
- 引物序列
- 参考数据库
- 阴性对照样本
- DNA浓度
输出
- 物种出现表
- 物种分类结果
- 占用估计值
要求
- R环境
- Python环境
- OBITools3
- DADA2
- cutadapt
- decontam
- JAGS