bio-gene-regulatory-networks-perturbation-simulation - 模拟转录因子扰动对细胞状态的影响
使用 CellOracle、Dynamo、GEARS、scGen 和 CPA 模拟转录因子扰动并预测转录响应。
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更新于: 2026-09-28能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 构建情境特异性基因调控网络
- 模拟转录因子敲除效应
- 模拟转录因子过表达效应
- 预测细胞状态变化方向
- 计算扰动评分
- 应用向量场扰动
- 比较扰动基线
- 评估验证缺口
输入
- 单细胞 RNA 测序数据
- 染色质可及性先验
- 基础基因调控网络
- 细胞类型聚类
- 低维嵌入
- 伪时间值
- 扰动设定
- RNA 速度估计
- 训练扰动响应
输出
- 预测的细胞状态变化方向
- 扰动评分
- 转移概率
- 扰动后的嵌入
- 基线比较结果
- 向量场扰动状态
要求
- Python 环境
- CellOracle 0.18 或更高版本
- scanpy 1.10 或更高版本
- anndata 0.10 或更高版本
- Dynamo 1.4 或更高版本
- GEARS 或 CPA 支持
- 已安装软件包 API 兼容