bio-imaging-mass-cytometry-data-preprocessing - IMC数据预处理流程
加载并预处理成像质量细胞计数数据，包含MCD/TIFF处理、热点像素去除和图像标准化
标签
更新于: 2026-03-26能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 加载MCD文件
- 去除热点像素
- 裁剪通道
- 标准化图像
- 转换MCD为TIFF
- 应用溢出校正
- 估计溢出矩阵
- 应用反双曲正弦变换
- 创建AnnData对象
- 批量处理图像
输入
- MCD文件
- 面板CSV文件
- 溢出矩阵
- Ilastik分类器
输出
- TIFF图像
- 概率图
- AnnData对象
- 处理后的图像
要求
- Python 3.8+
- steinbock
- readimc
- Ilastik
- anndata