bio-imaging-mass-cytometry-data-preprocessing - 成像质谱细胞计数数据预处理
从MCD文件预处理成像质谱细胞计数数据，执行热像素移除和图像归一化
标签
更新于: 2026-03-26该技能可以做什么
- 加载MCD文件
- 转换MCD为TIFF
- 移除热像素
- 应用溢出校正
- 估算溢出矩阵
- 归一化图像
- 应用arcsinh变换
- 创建AnnData对象
- 批量处理图像
- 生成概率图
- 可视化图像
输入
- MCD文件
- panel CSV文件
- 溢出矩阵CSV
- Ilastik分类器项目
输出
- TIFF图像
- 预处理图像数组
- 概率图
- AnnData文件
- napari可视化
要求
- Python
- steinbock
- readimc
- numpy
- scipy
- pandas
- anndata
- tifffile
- napari