bio-imaging-mass-cytometry-data-preprocessing - IMC数据预处理
加载和预处理IMC和MIBI数据文件
标签
更新于: 2026-03-26能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 加载MCD文件
- 转换MCD为TIFF
- 移除热点像素
- 应用溢出校正
- 估算溢出矩阵
- 归一化图像
- 变换图像
- 批量处理图像
- 创建AnnData对象
- 可视化图像
输入
- MCD文件
- 面板文件
- 溢出矩阵
- 单染色对照
- Ilastik分类器
输出
- TIFF图像
- 过滤图像
- 校正图像
- 归一化图像
- 概率图
- AnnData文件
要求
- Python环境
- anndata 0.10+
- numpy 1.26+
- pandas 2.2+
- scanpy 1.10+
- scipy 1.12+
- steinbock 0.16+
- readimc
- napari