bio-imaging-mass-cytometry-data-preprocessing - 成像质谱流式数据预处理
加载并预处理成像质谱流式数据，包括热像素去除和图像归一化
标签
更新于: 2026-03-26该技能可以做什么
- 加载MCD文件
- 转换MCD为TIFF
- 去除热像素
- 应用溢出校正
- 归一化图像数据
- 估计溢出矩阵
- 创建AnnData对象
- 可视化图像
- 批量处理
输入
- MCD文件
- panel CSV文件
- 溢出矩阵
- ilastik项目
输出
- TIFF图像
- 过滤后图像
- 归一化图像
- 概率图
- AnnData文件
要求
- Python 3.x
- steinbock 0.16+
- anndata 0.10+
- numpy 1.26+
- pandas 2.2+
- scanpy 1.10+
- scipy 1.12+
- readimc
- napari
- tifffile