bio-methylation-array-preprocessing - 预处理 Illumina 甲基化芯片 IDAT 数据
将 Illumina 450K、EPIC 或 EPICv2 原始 IDAT 转换为经校正、掩蔽和标准化的 beta 与 M 值矩阵。
标签
更新于: 2026-10-03能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 读取原始 IDAT 对
- 校正背景与染料偏差
- 校正 I 型与 II 型化学差异
- 掩蔽失败探针
- 标准化探针信号
- 生成 beta 与 M 值矩阵
输入
- 原始 IDAT 对
- 芯片版本
- 基因组版本
- 标准化场景
- 已安装的软件包版本
输出
- 校正后的 beta 矩阵
- M 值矩阵
- 已掩蔽的探针信号
- 芯片与基因组版本元数据
要求
- R 运行环境
- sesame 或 minfi
- 版本匹配的芯片注释
- 使用 sesame 时的 sesame 数据缓存
- 处理 EPICv2 时使用 sesame