bio-pathway-gsea - 运行排序基因集富集分析
使用GO、KEGG、Reactome和MSigDB分析排序基因向量，并用ssGSEA或GSVA评分每个样本的通路活性。
标签
更新于: 2026-10-06能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 构建排序基因向量
- 运行GO富集分析
- 运行KEGG富集分析
- 运行Reactome富集分析
- 运行MSigDB GSEA
- 评分样本通路活性
- 解释核心富集基因
- 比较置换策略
输入
- 差异表达结果
- 具名排序基因向量
- 基因标识符
- 表达矩阵
- 表型标签
- 设计矩阵
- 基因集集合
- 基因集版本或日期
- 物种注释
输出
- 富集结果表
- 标准化富集分数
- 校正后p值
- 核心富集基因列表
- 每个样本的通路分数
- 富集图
要求
- R运行环境
- clusterProfiler 4.18.4或更高版本
- org.Hs.eg.db 3.22或更高版本
- msigdbr 26或更高版本
- fgsea 1.36或更高版本
- 已安装的物种注释包
- KEGG分析所需的KEGG REST API访问权限