bio-pathway-gsea - 基于 clusterProfiler 的基因集富集分析
使用 clusterProfiler 基于排序的基因列表开展基因集富集分析，识别显著关联的生物通路及表达变化。
标签
更新于: 2026-09-09能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 构建已排序的基因统计量列表
- 转换基因 Symbol 至 Entrez ID
- 进行 GO 基因集富集分析
- 进行 KEGG 通路 GSEA 分析
- 进行 MSigDB 及自定义基因集富集
- 导出 GSEA 分析结果至 CSV
输入
- 差异表达分析结果文件
- 排序基因列表向量
- GMT 格式基因集文件
输出
- GSEA 结果 CSV 文件
- GSEA 分析结果数据框
要求
- R 运行环境
- clusterProfiler R 包
- org.Hs.eg.db R 包
- msigdbr R 包