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bio-sequence-statistics - 使用 Biopython 计算序列统计信息

使用 Biopython 计算序列集的 N50、长度分布、GC 含量和碱基组成,生成质控报告并比较组装结果。

标签

更新于: 2026-09-21
biopython序列统计N50GC含量FASTA质量控制

能力

计算 N50 及长度统计数据计算整体序列 GC 含量分析序列长度分布与百分位计算核苷酸碱基组成

典型输入

FASTA 序列文件组装文件

典型输出

序列统计汇总数据CSV 汇总文件组装对比表格

该技能可以做什么

  • 计算 N50 及长度统计数据
  • 计算整体序列 GC 含量
  • 分析序列长度分布与百分位
  • 计算核苷酸碱基组成
  • 生成序列质控汇总报告
  • 对比多个组装文件指标
  • 导出统计结果至 CSV 文件

输入

  • FASTA 序列文件
  • 组装文件

输出

  • 序列统计汇总数据
  • CSV 汇总文件
  • 组装对比表格

要求

  • Python 环境
  • BioPython 1.83+
  • samtools 1.19+

来源

  • 规范: SKILL.md

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