bio-temporal-genomics-temporal-clustering - 按时间轨迹形状聚类时序基因
使用模糊、层次或 DTW 聚类，按轨迹形状将预先筛选的时变基因分组为共表达模块。
标签
更新于: 2026-10-07能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 确认时变基因已筛选
- 标准化基因表达轨迹
- 选择距离度量
- 选择聚类算法和簇数
- 分配软或硬聚类
- 筛选模糊成员资格
- 验证聚类稳定性
- 解读聚类中心
- 执行逐簇富集分析
输入
- 预先筛选的时变基因
- 时序表达矩阵
- 时间点信息
- 样本元数据
- 富集分析背景集
输出
- 聚类分配结果
- 模糊成员资格分数
- 轨迹聚类中心
- 聚类可视化结果
- 聚类稳定性结果
- 逐簇富集分析结果
要求
- 已预先筛选的时变基因
- Mfuzz 2.64 或更高版本
- TCseq 1.14 或更高版本
- DEGreport 1.30 或更高版本
- R 和 Bioconductor
- tslearn 0.8 或更高版本
- scikit-learn 1.4 或更高版本
- Python