bio-workflows-crispr-editing-pipeline - 设计完整的 CRISPR 基因编辑实验
编排 guide RNA 设计、脱靶评估及敲除、碱基编辑、HDR 敲入或引导编辑的策略特异性构建设计。
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更新于: 2026-09-30能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 设计 guide RNA
- 评估脱靶效应
- 设计基因敲除方案
- 设计碱基编辑方案
- 设计 HDR 敲入方案
- 设计引导编辑方案
- 生成验证引物
输入
- 目标基因或位置
- 目标序列
- 参考基因组 FASTA 文件
- 编辑策略
输出
- guide RNA 设计结果
- 活性与特异性评分
- 脱靶评估结果
- 编辑策略设计结果
- 可交付构建体
- 验证引物
要求
- Python 环境
- BioPython 1.83+
- matplotlib 3.8+
- numpy 1.26+
- pandas 2.2+
- primer3-py 2.0+
- CRISPRscan
- Cas-OFFinder 命令行工具