bio-workflows-metabolic-modeling-pipeline - 编排从蛋白序列到通量预测的代谢建模流程
从蛋白质FASTA和表达数据出发，编排代谢重建、质量控制、模型整理、培养基约束通量分析、基因必需性预测和条件特异性建模。
标签
更新于: 2026-10-07能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 重建全基因组代谢模型
- 运行MEMOTE质量检查
- 整理并补缺模型
- 在FBA前约束培养基
- 预测通量分布
- 分析基因必需性
- 构建条件特异性模型
输入
- 蛋白质FASTA文件
- 目标生长培养基
- 基因组注释
- 表达数据
- 通用反应模型
- 重建工具选择
输出
- 重建的代谢模型
- MEMOTE质量报告
- 整理后的代谢模型
- 补缺反应集合
- FBA和FVA通量预测
- 必需基因列表
- 条件特异性模型
- 条件特异性通量
要求
- Python运行环境
- COBRApy 0.29或更高版本
- CarveMe和memote
- NumPy、pandas、matplotlib、seaborn
- DIAMOND
- CarveMe所需的MILP求解器