bio-workflows-tcr-pipeline - 按分支分析 TCR/BCR 免疫受体测序数据
编排从 FASTQ 到克隆型、多样性、重叠、体细胞高变、谱系及可选特异性注释的 bulk 或单细胞 TCR/BCR 分析。
标签
更新于: 2026-10-05能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 路由 bulk 或单细胞数据
- 选择 MiXCR 化学预设
- 组装免疫受体克隆型
- 执行免疫受体质量控制
- 统一测序深度
- 计算多样性与重叠
- 聚类 BCR 克隆
- 重建生殖系与谱系
- 整合单细胞基因表达
- 注释抗原特异性
输入
- FASTQ 文件
- 文库化学类型
- 物种
- 受体类型
- 测序深度
- 细胞条形码数据
- UMI 数据
- 特异性数据库
输出
- 克隆型文件
- 质量控制报告
- AIRR 重排表
- 深度归一化多样性结果
- 克隆型重叠结果
- BCR 克隆聚类结果
- 体细胞高变结果
- 谱系树
- 单细胞整合结果
- 特异性注释
- 分析图表
要求
- MiXCR 4.7 或更高版本
- 已激活的 MiXCR 许可证
- VDJtools 1.2.1 或更高版本
- Immcantation 4.x 套件
- scirpy 0.24 或更高版本
- 已安装适用的分析工具
- 兼容的命令行环境