crispr-screens-base-editing-analysis - 分析碱基编辑筛选中的变体功能
分析碱基编辑筛选、sgRNA设计、编辑效率、旁观者编辑、插入缺失、变体适应度及ClinVar或COSMIC注释。
标签
更新于: 2026-10-16能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 分析碱基编辑筛选
- 设计变体扫描sgRNA
- 选择编辑器化学类型
- 计算编辑窗口
- 量化旁观者编辑
- 筛选sgRNA编辑效率
- 解读插入缺失副产物
- 计算变体适应度
- 注释变体
输入
- 扩增子测序数据
- sgRNA文库
- CDS序列
- 目标氨基酸位置
- 目标核苷酸碱基
- 筛选log-fold change
- 变体注释
输出
- 逐sgRNA编辑定量结果
- 旁观者编辑测量结果
- 插入缺失测量结果
- 筛选后的sgRNA集合
- 预测的氨基酸变化
- 变体适应度评分
- 目标编辑与旁观者编辑归因
- ClinVar或COSMIC注释
要求
- CRISPResso2 2.2.14或更高版本
- BE-Hive 1.0或更高版本
- pandas 2.2或更高版本
- Biopython 1.83或更高版本
- NumPy 1.26或更高版本
- SciPy 1.12或更高版本
- scikit-learn 1.4或更高版本
- Broad be-validation-pipeline 1.0或更高版本
- Python环境