datamol - 使用 Datamol 进行 Python 化学信息学处理
提供简化的 RDKit Python 接口，用于分子格式处理、结构标准化、描述符、指纹、构象、聚类及其他化学信息学流程。
标签
更新于: 2026-10-07能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 解析分子格式
- 标准化分子结构
- 计算描述符和分子指纹
- 生成并分析三维构象
- 聚类分子并选择多样性样本
- 分析骨架和片段
- 应用化学反应
- 可视化并对齐分子
- 并行处理批量数据
- 读写分子文件
- 通过 fsspec 支持云存储
输入
- 分子字符串
- 分子文件
- 分子数据集
- 查询分子和库分子
- 输出路径
- 云存储 URL
- 处理参数
输出
- 原生 RDKit Mol 对象
- 转换后的分子表示
- 标准化分子
- 描述符和指纹结果
- 构象数据
- 分子聚类和多样性选择结果
- 骨架和片段分析结果
- 化学反应结果
- 分子可视化和对齐结果
- 写入的分子文件
要求
- Python 3.8 或更高版本
- 已安装 datamol
- RDKit 依赖
- 云 I/O 需要 s3fs 或 gcsfs