deeptools - 分析并可视化高通量测序数据
处理 BAM 等基因组文件,用于覆盖度转换、质量控制、样本比较、数据标准化和高通量测序实验可视化。
标签
更新于: 2026-10-04该技能可以做什么
- 转换 BAM 覆盖度轨迹
- 评估测序质量
- 比较测序样本
- 标准化基因组信号
- 生成热图和曲线图
- 分析峰区域富集
- 生成分析工作流脚本
- 验证输入文件
输入
- BAM 文件
- BAM 索引文件
- bigWig 文件
- BED 区域文件
- 基因组组装版本
- 有效基因组大小
- 分析参数
输出
- 标准化覆盖度轨迹
- 样本比较轨迹
- 质量控制图
- 相关性和 PCA 图
- 热图和曲线图
- 富集可视化结果
- 工作流脚本
- 输入验证状态
要求
- Python 环境
- deepTools 安装
- 命令行 Shell
- 可读的输入文件
- BAM 分析所需的已索引 BAM 文件
