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案例技能关于
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deeptools - 分析并可视化高通量测序数据

处理 BAM 等基因组文件,用于覆盖度转换、质量控制、样本比较、数据标准化和高通量测序实验可视化。

标签

更新于: 2026-10-04
高通量测序分析ChIP-seqRNA-seqATAC-seqBAM 处理质量控制基因组可视化

能力

转换 BAM 覆盖度轨迹评估测序质量比较测序样本标准化基因组信号

典型输入

BAM 文件BAM 索引文件bigWig 文件

典型输出

标准化覆盖度轨迹样本比较轨迹质量控制图

该技能可以做什么

  • 转换 BAM 覆盖度轨迹
  • 评估测序质量
  • 比较测序样本
  • 标准化基因组信号
  • 生成热图和曲线图
  • 分析峰区域富集
  • 生成分析工作流脚本
  • 验证输入文件

输入

  • BAM 文件
  • BAM 索引文件
  • bigWig 文件
  • BED 区域文件
  • 基因组组装版本
  • 有效基因组大小
  • 分析参数

输出

  • 标准化覆盖度轨迹
  • 样本比较轨迹
  • 质量控制图
  • 相关性和 PCA 图
  • 热图和曲线图
  • 富集可视化结果
  • 工作流脚本
  • 输入验证状态

要求

  • Python 环境
  • deepTools 安装
  • 命令行 Shell
  • 可读的输入文件
  • BAM 分析所需的已索引 BAM 文件

来源

  • 规范: SKILL.md

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