deeptools - 使用 deepTools 进行 NGS 数据分析
处理测序比对结果，执行质量控制与标准化，比较样本并生成基因组信号可视化结果。
标签
更新于: 2026-10-04能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 将 BAM 转换为覆盖度轨迹
- 验证 BAM、BED 和 bigWig
- 评估测序质量
- 比较并关联样本
- 生成热图和曲线图
- 分析富集和峰区域
输入
- BAM 比对文件
- BAM 索引文件
- BED 区域文件
- bigWig 信号文件
- 参考基因组信息
- 分析参数
输出
- bigWig 覆盖度轨迹
- bedGraph 覆盖度轨迹
- 质量控制报告
- 相关性和 PCA 结果
- 热图和曲线图
- 工作流脚本
要求
- Python 3.12 或更高版本
- deepTools 4.0.0
- pysam 和 pyBigWig
- 工作流排序和索引所需的 samtools