diffdock - DiffDock 分子对接
根据蛋白质结构或序列预测小分子结合构象，支持批量虚拟筛选和构象置信度分析，但不预测结合亲和力。
标签
更新于: 2026-10-03能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 预测配体结合构象
- 处理蛋白质结构
- 处理蛋白质序列
- 运行批量对接
- 筛选化合物库
- 生成置信度评分
- 排序对接预测
- 导出分析摘要
输入
- 蛋白质 PDB 文件
- 蛋白质氨基酸序列
- 配体 SMILES 字符串
- 配体 SDF 文件
- 配体 MOL2 文件
- 批量输入 CSV 文件
- 推理配置文件
- 蛋白质嵌入文件
输出
- 排序后的配体构象 SDF 文件
- 构象置信度评分
- 对接结果目录
- 分析摘要
- 导出的结果 CSV 文件
要求
- DiffDock 代码仓库
- Python 3.9 环境
- RDKit
- PyTorch 和 PyTorch Geometric
- ESM 依赖
- 所需运行权限
- 可选的 CUDA GPU