diffdock - 预测蛋白质与小分子的结合姿态
根据蛋白质结构或序列预测小分子对接的三维结合姿态和置信度分数。
标签
更新于: 2026-10-03能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 预测配体结合姿态
- 处理蛋白质 PDB 文件
- 使用 ESMFold 折叠蛋白质序列
- 处理 SMILES、SDF 和 MOL2
- 运行批量虚拟筛选
- 分析置信度分数
- 排列对接预测结果
- 导出结果摘要
输入
- 蛋白质 PDB 文件
- 蛋白质氨基酸序列
- 配体 SMILES 字符串
- 配体 SDF 文件
- 配体 MOL2 文件
- 批处理输入 CSV 文件
- 推理配置文件
输出
- 排序后的配体姿态 SDF 文件
- 姿态置信度分数
- 对接结果目录
- 预测分析摘要
- 导出的结果 CSV 文件
要求
- DiffDock 仓库
- Python 3.9 环境
- RDKit
- PyTorch 和 PyTorch Geometric
- ESM
- Read、Write、Edit、Bash、Glob 和 Grep 访问权限
- 可选的 CUDA GPU 加速