etetoolkit - 使用 ETE 进行系统发育树分析
用于操作、分析、比较、可视化和注释系统发育树及层次树，支持系统发育基因组学与聚类分析。
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更新于: 2026-10-03能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 读写多种树格式
- 遍历层次树结构
- 修改树拓扑结构
- 计算树距离
- 检测进化事件
- 识别直系同源与旁系同源
- 整合 NCBI 分类信息
- 渲染样式化树图
- 分析聚类结果
- 比较树拓扑结构
输入
- 系统发育树文件
- 序列比对文件
- 分类单元名称或 ID
- 基因命名规则
- 聚类数据矩阵
- 可视化设置
- 输出文件路径
输出
- 修改后的树文件
- 树统计信息
- 进化事件分析结果
- 直系同源组文件
- 带分类注释的树
- PNG、PDF 或 SVG 图像文件
- 聚类质量指标
- 树比较结果
- 热图可视化结果
要求
- 支持 ETE 的 Python 环境
- 需要时访问 NCBI 分类数据库