etetoolkit - 使用 ETE 进行系统发育树分析
使用 ETE 操作、分析、比较、注释和可视化系统发育树及层次树，并执行聚类分析。
标签
更新于: 2026-10-03能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 读写树文件格式
- 遍历层次树
- 修改树拓扑
- 计算树距离
- 比较树拓扑
- 检测演化事件
- 识别直系同源和旁系同源
- 整合序列比对
- 查询 NCBI 分类信息
- 构建分类树
- 注释树节点
- 渲染树可视化结果
- 分析聚类结果
- 可视化数据热图
输入
- 系统发育树文件
- 序列比对文件
- 分类单元名称
- 基因名称
- 聚类数据矩阵
- 用于比较的树文件
- 可视化设置
输出
- 修改后的树文件
- 演化事件结果
- 直系同源和旁系同源分组
- 分类学注释
- 渲染后的 PDF 文件
- 渲染后的 SVG 文件
- 渲染后的 PNG 文件
- 树比较指标
- 聚类指标
- 热图可视化结果
要求
- Python 环境
- ETE 工具包
- NCBI 分类数据库访问权限
- 本地分类数据库缓存