microbial-dynamics - 微生物群体动力学建模与分析
使用生长曲线拟合、群落动力学、随机模拟、生物膜与CFU分析、基因组注释及厌氧消化建模来分析微生物群体。
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更新于: 2026-10-04能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 拟合细菌生长曲线
- 提取生长参数
- 建模群落相互作用
- 模拟随机种群
- 量化结晶紫生物膜
- 计算CFU浓度
- 注释细菌基因组
- 建模厌氧消化
输入
- OD600时间序列数据
- 生长模型选择
- 群落相互作用参数
- 初始种群规模
- 随机反应定义
- 结晶紫检测重复数据
- 系列稀释平板计数
- 细菌基因组序列
- 厌氧消化参数
输出
- 生长模型参数
- 群落种群轨迹
- 随机模拟轨迹
- 生物膜分析表
- CFU/mL估计值
- 基因组注释
- 基因统计数据
- 厌氧消化模型结果
要求
- Python环境
- SciPy
- NumPy
- Pandas
- Matplotlib
- 用于基因组注释的Prokka