molecular-dynamics-guide - 分子动力学模拟指南
设置、运行和分析分子动力学模拟
标签
更新于: 2026-03-25能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 准备结构
- 分配力场参数
- 溶剂化系统
- 添加离子
- 最小化能量
- 平衡系统
- 运行模拟
- 分析轨迹
- 计算RMSD
- 计算RMSF
- 计算回转半径
- 分析氢键
- 执行伞形采样
- 计算自由能
输入
- PDB结构文件
- 力场参数
- 离子强度
- 温度
- 压力
- 反应坐标
- Lambda时间表
输出
- 模拟轨迹文件
- RMSD数值
- RMSF数值
- 回转半径数据
- 氢键统计
- 自由能谱图
要求
- GROMACS或OpenMM
- MDAnalysis库
- Python环境
- GPU支持
- 高性能计算