nvmolkit-usage - 使用 nvMolKit 执行批量 GPU 化学信息学操作
使用已安装的 nvMolKit Python API 编写批量 GPU 加速的 RDKit 风格化学信息学操作代码。
标签
更新于: 2026-10-03能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 生成 Morgan 指纹
- 计算相似度矩阵
- 嵌入分子构象
- 优化分子几何结构
- 计算 RMSD 和 TFD
- 聚类分子指纹
- 搜索分子子结构
- 配置 GPU 执行
- 串联 GPU 张量结果
- 诊断 nvMolKit 调用
输入
- RDKit 分子列表
- 指纹数组
- 操作参数
- GPU 硬件配置
- PyTorch 或 NumPy 流程需求
- CUDA 流设置
输出
- Python 代码
- GPU 张量
- NumPy 数组
- RDKit 构象坐标
- 优化能量和收敛标志
- 相似度、RMSD 或 TFD 矩阵
- 聚类结果
- 子结构匹配结果
要求
- 计算能力 7.0 及以上的 NVIDIA GPU
- 兼容 CUDA 12.6 及以上版本的驱动
- 支持 CUDA 的 PyTorch
- 已安装的 nvMolKit 软件包
- 已安装的 RDKit 软件包
- 用于自动调优的 Optuna 软件包