prs-net-deep-learning-agent - 深度学习多基因风险评分预测
基于基因交互网络的几何深度学习疾病风险预测
标签
更新于: 2026-03-24该技能可以做什么
- 处理基因型数据
- 汇总基因评分
- 编码网络结构
- 预测疾病风险
- 量化预测不确定性
- 识别重要通路
- 可视化网络模块
输入
- 基因型数据(VCF/PLINK)
- 蛋白质互作网络(GraphML)
- 基因映射(BED)
- 训练标签
- GWAS汇总数据
- 训练好的模型权重
- STRING蛋白质互作网络
- BioGRID网络
- Reactome网络
- 基因本体
输出
- PRS-Net评分(CSV)
- 风险百分位(CSV)
- 基因重要性(CSV)
- 通路富集(CSV)
- 模块可视化(PNG)
- 预测不确定性(JSON)
要求
- Python 3.10+
- PyTorch
- PyTorch Geometric
- NetworkX
- igraph
- 推荐GPU
