pydeseq2 - 执行 bulk RNA-seq 差异表达分析
使用 PyDESeq2 对 bulk RNA-seq 计数数据执行 DESeq2 分析、Wald 检验、FDR 校正、可选 LFC 收缩和绘图。
标签
更新于: 2026-10-01该技能可以做什么
- 加载计数矩阵
- 验证并过滤数据
- 指定实验设计
- 拟合 DESeq2 模型
- 执行 Wald 检验
- 执行 FDR 校正
- 应用 LFC 收缩
- 导出分析结果
- 生成火山图和 MA 图
输入
- RNA-seq 计数矩阵
- 样本元数据
- 设计公式
- 对比条件
- 过滤参数
- 统计阈值
输出
- 差异表达结果表
- 显著基因表
- 火山图
- MA 图
- 序列化分析对象
- 分析摘要
要求
- Python 环境
- PyDESeq2 包
- pandas 包
- 可选的 AnnData 包
- 导出文件所需的文件系统访问权限