simo-multiomics-integration-agent - 空间多组学整合
通过概率对齐整合空间与单细胞多组学数据
标签
更新于: 2026-03-20该技能可以做什么
- 对齐单细胞RNA到空间坐标
- 空间映射染色质可及性
- 空间整合甲基化数据
- 融合多模态数据层
- 分配细胞类型到位置
- 识别空间小生境
- 量化映射不确定性
- 平滑空间预测
- 校正批次效应
输入
- 空间转录组数据
- 单细胞RNA-seq参考
- 单细胞ATAC-seq数据
- 单细胞甲基化数据
- CITE-seq蛋白质数据
- 空间模态参考
输出
- 整合的空间多组学对象
- 空间细胞类型分配
- 空间染色质可及性图谱
- 空间小生境分配
- 不确定性图谱
- 基因活性评分
要求
- Python 3.10+
- Scanpy
- Squidpy
- Muon
- scvi-tools
- SnapATAC2
- Python Optimal Transport
- PyTorch
- GPyTorch