simo-multiomics-integration-agent - AI多组学空间整合工具
使用概率对齐方法进行多组学数据的空间整合
标签
更新于: 2026-03-20能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 归一化单细胞多组学数据
- 学习联合潜在表示
- 计算细胞到位置的概率分配
- 将组学模态转移到空间坐标
- 识别空间微环境
- 量化映射不确定性
输入
- 空间转录组数据
- scRNA-seq参考数据
- scATAC-seq参考数据
- scMethyl参考数据
输出
- 整合的空间多组学对象
- 空间细胞类型分配
- 空间微环境图谱
- 不确定性图谱
要求
- Python 3.10+
- Scanpy
- Squidpy
- Muon
- scvi-tools
- SnapATAC2
- PyTorch
- GPyTorch