archr - 使用 R 和 ArchR 分析 scATAC-seq 数据
运行基于 R 的 scATAC-seq 流程，包括 Arrow 文件、降维、聚类、基因评分、峰调用、基序分析、chromVAR、足迹分析、整合和轨迹分析。
标签
更新于: 2026-10-01能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 创建 Arrow 文件
- 推断双细胞
- 运行迭代 LSI
- 执行 Harmony 校正
- 聚类细胞
- 生成 UMAP 嵌入
- 计算基因评分
- 调用 MACS2 峰
- 识别标记峰
- 进行基序富集分析
- 计算 chromVAR 偏差
- 分析转录因子足迹
- 转移 scRNA-seq 标签
- 分析细胞轨迹
- 可视化基因组轨迹
输入
- 片段文件
- BAM 文件
- 参考基因组
- scRNA-seq 参考数据
- 细胞类型标签
- Multiome 预处理输出
- 分析参数
输出
- Arrow 文件
- ArchRProject 对象
- 细胞嵌入
- 细胞聚类
- 基因评分矩阵
- 峰矩阵
- 标记特征
- 基序富集结果
- chromVAR 偏差矩阵
- 转录因子足迹
- 转移的细胞标签
- 轨迹分析结果
- 基因组轨迹图
- PDF 报告
要求
- R >= 4.0
- Bioconductor 依赖包
- ArchR 及额外软件包
- 用于峰调用的 MACS2
- 用于 scRNA-seq 整合的 Seurat
- 用于 Multiome 预处理的 cellranger-arc
- 充足的系统内存