bio-basecalling - 将Nanopore信号转换为核苷酸序列
使用Dorado basecaller将原始Nanopore信号数据转换为核苷酸序列
标签
更新于: 2026-03-23能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 将信号转换为序列
- 选择碱基检测模型
- 检测修饰碱基
- 按质量过滤序列
- 生成质控报告
- 转换FAST5到POD5
- 修剪接头
- 样本拆分
- 执行双链检测
- 列出可用模型
输入
- FAST5文件
- POD5文件
- 碱基检测模型
- GPU设备
- CPU线程
- 条形码试剂盒名称
输出
- BAM文件
- FASTQ文件
- 过滤后序列
- 质控报告
- 测序统计
- 测序摘要
要求
- Dorado basecaller
- 支持CUDA的GPU
- CPU支持
- POD5工具
- Chopper或NanoFilt
- NanoPlot或pycoQC