bio-batch-downloads - 从 NCBI 批量下载大型数据集
使用历史服务器分批、限速、重试、检查点和完整性验证下载大型 NCBI 数据集。
标签
更新于: 2026-09-30能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 选择检索策略
- 分批发送 NCBI 请求
- 使用历史服务器
- 应用请求速率限制
- 重试失败下载
- 保存下载进度检查点
- 恢复中断的下载
- 验证下载完整性
- 比较 E-utilities 与 Datasets
输入
- NCBI 数据库
- 搜索查询
- NCBI 标识符列表
- 输出文件路径
- 检查点文件路径
- NCBI 电子邮箱
- NCBI API 密钥
输出
- 下载的序列文件
- 检查点文件
- 可恢复的下载状态
- 经过验证的下载数据
要求
- Python 3 环境
- Biopython 1.83 或更高版本
- NCBI Datasets CLI 16.0 或更高版本
- Entrez Direct 21.0 或更高版本
- 可访问 NCBI 网络
- 批量下载所需的 NCBI API 凭据