带有标签“生物信息学”的 Skills

dnanexus-integration - DNAnexus 云基因组学平台集成
基因组学 DNAnexus 生物信息学流水线
★ 0 · 更新于 2026-09-23
使用 dxpy SDK 在 DNAnexus 云平台上开发基因组学流水线、管理数据、运行工作流及执行应用。
⚙ 构建 DNAnexus 应用和小程序 ⚙ 管理数据对象与文件 ⚙ 启动并监控分析任务
cosmic-database - 访问并下载 COSMIC 癌症基因组学数据库文件
cosmic 癌症基因组学体细胞突变生物信息学
★ 297 · 更新于 2026-09-23
提供认证与数据下载功能，用于获取 COSMIC 体细胞突变、癌症基因共识、突变签名及结构变异等数据。
⚙ 下载体细胞突变数据 ⚙ 下载癌症基因共识数据 ⚙ 获取突变签名配置文件
code-repository-analysis - 验证代码仓库的具体实现细节并对比工具功能。
代码分析生物信息学功能验证依赖映射
★ 15 · 更新于 2026-09-22
从软件仓库源代码与文档中提取实现细节，构建综合的功能清单与对比分析表。
⚙ 克隆源代码仓库 ⚙ 检查管道代码 ⚙ 交叉比对依赖项声明
bio-geo-data - 使用 Biopython Bio.Entrez 查询 NCBI GEO 表达数据集。
NCBI GEO 基因表达 Biopython
★ 1 · 更新于 2026-09-22
使用 Biopython 查询 NCBI GEO 基因表达数据集，获取下载链接并将 GEO 系列关联至 SRA 运行数据。
⚙ 查询 GEO 数据集 ⚙ 获取 GEO 摘要信息 ⚙ 检索 FTP 下载链接
latchbio-integration - LatchBio 生物信息学工作流集成
生物信息学 latchbio 工作流 python
★ 0 · 更新于 2026-09-22
使用 Python SDK、任务装饰器和云存储抽象在 Latch 平台上构建与部署无服务器生物信息学工作流。
⚙ 使用装饰器定义无服务器工作流 ⚙ 部署管线至 Latch 平台 ⚙ 使用 LatchFile 管理云端数据
pysam - 用于读写与处理基因组数据集的 Python 模块
生物信息学基因组学次世代测序 pysam
★ 0 · 更新于 2026-09-21
通过 htslib 的 Python 接口读写和处理 SAM/BAM/CRAM 比对文件、VCF/BCF 变异文件与 FASTA/FASTQ 基因组序列。
⚙ 读写比对文件 ⚙ 进行 Pileup 覆盖度分析 ⚙ 读写变异文件
ensembl-database - 查询 Ensembl REST API 以获取基因组数据和变异信息
ensembl 基因组学 rest-api 变异分析
★ 586 · 更新于 2026-09-19
查询 Ensembl 基因组数据库 REST API，获取基因注释、序列、变异分析预测、同源基因及基因组组装坐标转换。
⚙ 获取基因注释与信息 ⚙ 检索 DNA 及蛋白质序列 ⚙ 预测分析基因变异影响
scrna-seq-qc - 单细胞 RNA 测序数据的质控、注释与可视化
单细胞测序质量控制细胞注释 UMAP可视化
★ 0 · 更新于 2026-09-19
处理、质控、注释及可视化跨组织和物种的单细胞或单核 RNA 测序数据集。
⚙ 使用自定义质控阈值过滤细胞 ⚙ 使用 scDblFinder 检测双细胞 ⚙ 过滤环境 RNA 指标
pubmed-database - 检索PubMed文献并关联生物数据库
pubmed ncbi 文献检索生物信息学
★ 0 · 更新于 2026-09-19
检索PubMed文献，获取摘要与PMC全文，关联生物数据库，匹配文献引用，并支持大批量缓存处理。
⚙ 检索PubMed文献PMID ⚙ 统计NCBI数据库检索匹配数 ⚙ 获取PMID对应元数据与摘要
ensembl-database - 查询 Ensembl 基因组数据库 REST API
ensembl 基因组学生物信息学 rest-api
★ 1 · 更新于 2026-09-19
通过 Ensembl REST API 查询 250+ 物种的基因注释、序列、变异、同源基因、VEP 预测及组装比对。
⚙ 检索基因信息 ⚙ 获取基因组序列 ⚙ 分析遗传变异
ena-database - 检索并获取欧洲核苷酸档案库的基因组数据
基因组学生物信息学 ENA REST API
★ 17 · 更新于 2026-09-19
通过 REST API 以及 FTP 或 Aspera 访问欧洲核苷酸档案库，检索并获取序列、原始测序数据、组装结果和元数据。
⚙ 下载原始测序数据 ⚙ 按元数据筛选搜索记录 ⚙ 获取记录元数据
hmdb-database - 访问人类代谢组数据库以检索代谢物信息
代谢组学数据库代谢物生物信息学
★ 2 · 更新于 2026-09-19
搜索、检索并下载包含化学性质、生物标志物关联、光谱和通路的人类代谢物数据。
⚙ 按文本搜索代谢物 ⚙ 按化学结构搜索代谢物 ⚙ 按光谱数据搜索代谢物
metabolic-module-significance-calculation - 计算代谢模块对样本特征的显著性统计量
代谢组学 WGCNA MetaboDiff 模块显著性
★ 15 · 更新于 2026-09-19
计算模块显著性统计量，评估代谢相关性模块与类别样本特征的统计显著关联。
⚙ 计算模块显著性统计量 ⚙ 绘制模块特征关联图 ⚙ 提取显著代谢相关模块
bio-hi-c-analysis-compartment-analysis - 使用 cooltools 从 Hi-C 数据中识别 A/B 染色质区室
Hi-C AB区室 cooltools 染色质结构
★ 1 · 更新于 2026-09-19
利用 cooltools 特征向量分解从 Hi-C 接触矩阵中检测 A/B 染色质区室并定量区室化强度。
⚙ 计算染色质区室特征向量 ⚙ 使用 GC 含量定向区室 ⚙ 提取 AB 区室分类
ena-database - 访问 ENA 核酸序列及基因组学元数据。
基因组学生物信息学 ENA 核酸序列
★ 0 · 更新于 2026-09-18
通过 REST API 和 FTP 从欧洲核苷酸档案馆检索 DNA/RNA 序列、原始 FASTQ 读取、基因组组装及元数据。
⚙ 检索核酸序列与测序数据 ⚙ 搜索样本、研究与组装数据 ⚙ 下载 FASTQ 文件与基因组组装
pyopenms - 用于质谱数据处理与分析的 Python 平台
质谱分析蛋白质组学代谢组学 pyopenms
★ 602 · 更新于 2026-09-16
提供用于计算质谱的 OpenMS Python 接口，支持蛋白质组学与代谢组学数据处理、特征检测及肽段鉴定。
⚙ 加载质谱数据文件 ⚙ 过滤与平滑光谱信号 ⚙ 检测与关联质谱特征
bio-small-rna-seq-target-prediction - miRNA 靶基因预测
miRNA 靶基因预测 miRanda TargetScan
★ 1 · 更新于 2026-09-15
使用基于序列的算法与数据库查询预测 miRNA 靶基因。
⚙ 运行 miRanda 靶基因预测 ⚙ 解析 miRanda 输出文件 ⚙ 查询 TargetScan 预测靶标
bio-read-qc-adapter-trimming - 从 FASTQ 文件中去除测序接头
接头修剪 cutadapt trimmomatic fastq
★ 2 · 更新于 2026-09-15
使用 Cutadapt 和 Trimmomatic 从单端和双端测序 FASTQ 文件中去除测序接头。
⚙ 使用 Cutadapt 去除接头 ⚙ 使用 Trimmomatic 去除接头 ⚙ 按长度过滤 Reads
gget - 使用 gget 进行基因组数据库查询与检索
生物信息学基因组学 ensembl blast
★ 0 · 更新于 2026-09-14
使用 gget CLI 或 Python 包查询基因组数据库、获取序列、运行 BLAST 搜索并记录生物信息学证据。
⚙ 搜索 Ensembl ID 和基因元数据 ⚙ 获取核苷酸及氨基酸序列 ⚙ 运行 BLAST 和 BLAT 检索
molclaw-hdock-tool - HDOCK 蛋白质对接
hdock 蛋白质对接分子对接生物信息学
★ 33 · 更新于 2026-09-13
运行蛋白质复合物的 HDOCKlite 对接并返回包含排名模型的运行目录。
⚙ 执行蛋白质对接计算 ⚙ 生成排名的对接模型 ⚙ 指定自定义结合位点残基

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