bio-de-deseq2-basics - 使用 DESeq2 进行 RNA-seq 差异表达分析
使用 R 中的 DESeq2 对 RNA-seq 计数数据进行差异表达分析、模型拟合和 log Fold Change 收缩。
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更新于: 2026-09-24能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 创建 DESeqDataSet 对象
- 运行 DESeq2 差异分析流程
- 应用对数差异倍数收缩
- 指定实验设计公式
- 提取差异表达结果
- 获取归一化表达计数
- 拟合多因素与交互模型
- 执行似然比检验
- 过滤低表达基因
- 导出分析结果至 CSV
输入
- RNA-seq 计数矩阵
- 样本元数据数据框
- 实验设计公式
- tximport 或 SummarizedExperiment 对象
输出
- DESeqDataSet 对象
- 差异表达结果表
- 归一化计数矩阵
- CSV 文件
要求
- R 运行环境
- DESeq2 包 1.42 或更高版本
- apeglm 包