bio-duplicate-handling - 标记或移除 PCR 与光学重复序列
使用 samtools fixmate 和 markdup 在 BAM 文件中标记或移除 PCR 与光学重复序列，以支持下游分析。
标签
更新于: 2026-09-29能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 排序 BAM 比对结果
- 添加配对标签
- 标记重复读段
- 移除重复读段
- 建立 BAM 索引
- 统计重复读段
输入
- 输入 BAM 文件
- 检测类型
- 测序平台
- 读组元数据
- 输出文件路径
输出
- 已标记的 BAM 文件
- 去重复的 BAM 文件
- BAM 索引文件
- 重复统计文件
要求
- samtools 1.19 或更高版本
- 供 fixmate 使用的按名称排序 BAM
- 供 markdup 使用的按坐标排序 BAM