bio-duplicate-handling - 标记或移除 PCR 与光学重复
使用 samtools fixmate 和 markdup 处理 BAM 比对中的 PCR 与光学重复，并根据实验类型判断是否适合去重。
标签
更新于: 2026-10-01能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 标记 PCR 重复
- 移除重复读段
- 检测光学重复
- 验证实验类型
- 配置光学距离
- 按读组区分重复
- 创建 BAM 索引
- 报告重复统计
输入
- 输入 BAM 比对文件
- 实验类型
- 测序平台
- 读组元数据
- 输出路径
输出
- 已标记或移除重复的 BAM 文件
- BAM 索引
- 重复统计文件
- BAM 中的重复标记
要求
- samtools 1.19 或更高版本
- Python 工作流需要 pysam 0.22 或更高版本