bio-epidemiological-genomics-phylodynamics - 构建时间标度进化树用于疫情分析
构建时间标度进化树并推断演化动态
标签
更新于: 2026-03-22能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 构建时间标度进化树
- 估算分歧时间
- 估算分子钟速率
- 重建祖先状态
- 分析群体动态
- 解释分子钟结果
- 准备BEAST2配置
输入
- 序列比对文件
- 系统发育树
- 采样日期
- 元数据文件
输出
- 时间标度进化树
- 分歧时间
- 分子钟速率
- 祖先状态
- 群体大小轨迹
要求
- Python环境
- BioPython 1.83+
- TreeTime 0.11+
- scanpy 1.10+