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bio-epidemiological-genomics-phylodynamics - 时间刻度系统发育与进化动力学分析

使用 TreeTime 和 BEAST2 构建时间刻度系统发育树并推断进化动力学用于疫情分析

标签

更新于: 2026-03-22
流行病学基因组学系统发育学疫情分析分子钟

能力

构建时间刻度树估计分子钟速率估计分歧时间重建祖先序列

典型输入

序列比对文件系统发育树文件样本日期文件

典型输出

时间刻度系统发育树分子钟速率祖先序列

该技能可以做什么

  • 构建时间刻度树
  • 估计分子钟速率
  • 估计分歧时间
  • 重建祖先序列
  • 分析种群动态
  • 准备日期文件
  • 准备 BEAST2 配置

输入

  • 序列比对文件
  • 系统发育树文件
  • 样本日期文件
  • 状态文件

输出

  • 时间刻度系统发育树
  • 分子钟速率
  • 祖先序列
  • 种群动态数据

要求

  • Python 环境
  • TreeTime 0.11+
  • BioPython 1.83+
  • scanpy 1.10+
  • BEAST2

来源

  • 规范: SKILL.md

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