bio-epidemiological-genomics-phylodynamics - 构建时间标度系统发育树用于疫情分析
使用 TreeTime 构建时间标度系统发育树并推断进化动力学用于疫情分析
标签
更新于: 2026-03-22能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 加载 Newick 树文件
- 加载序列比对文件
- 加载日期文件
- 运行分子钟分析
- 估计分歧时间
- 估计分子钟速率
- 估计根节点日期
- 重建祖先序列
- 分析离散性状
- 提取天际线图
- 解释分子钟结果
输入
- Newick 树文件
- 序列比对文件
- 日期文件
- 元数据文件
- 状态文件
输出
- 时间标度树
- 分子钟速率估计
- 分歧时间估计
- 祖先序列
- 天际线图
- 迁徙分析结果
要求
- Python 环境
- BioPython 1.83+
- TreeTime 0.11+
- scanpy 1.10+