bio-epidemiological-genomics-transmission-inference - 推断病原体传播网络并识别传播对
利用 TransPhylo 和基于距离的算法，结合基因组与流行病学数据推断病原体传播网络及感染关系。
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更新于: 2026-09-18能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 使用 TransPhylo 推断传播树
- 准备 TransPhylo 输入数据
- 提取共识传播树
- 估计基本再生数 R0
- 识别疫情中的超级传播者
- 根据基因距离推断传播对
- 绘制传播网络图
输入
- 带时间标尺的系统发育树 Nexus 文件
- 样本采集日期
- 基因组距离矩阵
输出
- 共识传播树
- 传播对数据表
- 基本再生数 R0 估计值
- 超级传播者列表
- 传播网络图
要求
- 包含 TransPhylo 和 ape 的 R 环境
- 包含 BioPython、pandas、numpy、networkx、matplotlib 的 Python 环境