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bio-genome-intervals-coverage-analysis - 计算基因组区间的测序深度与覆盖度

使用 bedtools 计算基因组区间的读取深度与覆盖度,生成 bedGraph 文件,计算逐碱基深度并汇总统计数据。

标签

更新于: 2026-09-19
bedtoolsgenomecovcoveragebedgraph基因组学

能力

典型输入

典型输出

该技能可以做什么

  • 生成 bedGraph 文件
  • 计算逐碱基覆盖深度
  • 计算特征覆盖度统计数据
  • 跨多个 BAM 统计读取数

输入

  • BAM 比对文件
  • BED 区间文件
  • 基因组大小文件

输出

  • bedGraph 文件
  • 覆盖度汇总文件
  • 覆盖度直方图文件

要求

  • bedtools 2.31+
  • samtools 1.19+
  • numpy 1.26+
  • pandas 2.2+

来源

  • 规范: SKILL.md

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