bio-geo-data - 使用 Biopython Bio.Entrez 查询 NCBI GEO 表达数据集。
使用 Biopython 查询 NCBI GEO 基因表达数据集，获取下载链接并将 GEO 系列关联至 SRA 运行数据。
标签
更新于: 2026-09-22能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 查询 GEO 数据集
- 获取 GEO 摘要信息
- 检索 FTP 下载链接
- 关联 GEO 至 SRA
- 关联 PubMed 至 GEO
- 下载系列矩阵文件
输入
- NCBI Entrez 电子邮箱与 API 密钥
- GEO 搜索关键词或数据号
- PubMed 文章 ID
输出
- GEO 搜索摘要列表
- FTP 下载链接
- 关联的 SRA 运行编号
- 下载的系列矩阵文件
要求
- Python 运行环境
- Biopython 依赖库
- GEOparse 依赖库
- NCBI Entrez API 网络访问